Cơ cấu tổ chức

 Trung tâm do Giám đốc phụ trách chung, có không quá 03 Phó Giám đốc giúp việc theo sự phân công của Giám đốc.
2. Giám đốc Trung tâm là người đứng đầu Trung tâm, chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở Giao thông vận tải, trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Trung tâm và do Giám đốc Sở Giao thông vận tải bổ nhiệm, miễn nhiệm.
3. Các Phó Giám đốc và Kế toán trưởng của Trung tâm do Giám đốc Sở Giao thông vận tải bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Giám đốc Trung tâm.
4. Các Phó Giám đốc Trung tâm là người giúp việc Giám đốc Trung tâm được Giám đốc Trung tâm phân công chỉ đạo một số công tác và chịu trách nhiệm trước Giám đốc Trung tâm về nhiệm vụ được phân công; khi Giám đốc Trung tâm vắng mặt, một Phó Giám đốc Trung tâm được Giám đốc ủy quyền điều hành các hoạt động của Trung tâm.
5. Trưởng phòng, Phó Trưởng phòng và tương đương các đơn vị cấu thành Trung tâm do Giám đốc Trung tâm bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, miễn nhiệm theo quy định pháp luật.
Cơ cấu tổ chức
​a) Phòng Tổ chức Hành chính;
b) Phòng Kế toán Tài chính;
c) Phòng Kế hoạch;
d) Phòng Quản lý bảo trì;
e) Phòng Quản lý hạ tầng - Kỹ thuật chất lượng;
f) Phòng Đăng ký - Đăng kiểm phương tiện thủy;
g) Trạm Quản lý đường thủy số 1;
h) Trạm Quản lý đường thủy số 2;
k) Trạm Quản lý đường thủy số 3;
l) Trạm Quản lý đường thủy số 4;
m) Trạm Quản lý đường thủy số 5;
n) Trạm Lưu giữ - Quản lý thiết bị và phương tiện thủy.